Секвенирование генома повышает точность идентификации паразитоидов.

Молекулярная идентификация паразитоидов с помощью полногеномного секвенирования повысила точность различения видов, используемых в биологическом контроле. Исследование, проведенное бразильскими учеными, выявило специфические генетические варианты для четырех агентов, широко используемых в сельскохозяйственных программах: Пальмистих элеисис, Тетрастих ховарди, Трихоспилус диатрае e Трихограмма pretiosum.

В исследовании использовалось полногеномное секвенирование на платформе Illumina NovaSeq 6000. Такой подход позволил выявить специфические варианты у каждого вида. Было идентифицировано четыре варианта для Пальмистих элеисисдва за Тетрастих ховарди, от четырех до Трихоспилус диатрае и пять за Трихограмма pretiosumЭти маркеры позволяют точно различать особей морфологически сходных видов.

Идентификация на основе морфологии.

Традиционная идентификация на основе морфологических признаков имеет ограничения. Анализируемые паразитоиды имеют небольшие размеры и высокую степень структурного сходства. Это затрудняет полевую диагностику и требует специальных таксономических знаний. В данном исследовании показано, что геномные варианты позволяют преодолеть эти ограничения, обеспечивая дифференциацию на основе ДНК.

Исследуемые насекомые используются для борьбы с экономически значимыми вредителями из отряда чешуекрылых. Среди целевых видов особо выделяются такие вредители, как... Диатрея сахарная e Тиринтеина арнобияЭти виды наносят ущерб таким культурам, как сахарный тростник и эвкалипт. Правильная идентификация паразитоидов напрямую влияет на эффективность выпуска вредителей в полевых условиях.

Инструменты биоинформатики

Для анализа использовались биоинформатические инструменты для контроля качества, выравнивания и обнаружения вариантов. В качестве референсного генома использовался геном. Aphelinus certus Результаты оказались лучше. Данный материал продемонстрировал большую согласованность в выявлении вариантов и лучшее соответствие между анализируемыми видами.

Анализ главных компонентов четко разделил виды на основе генетических данных. Главный компонент PC1 объяснил 51,12% общей вариации и выделил Трихограмма pretiosum остальных. Анализ евклидова расстояния подтвердил большую генетическую близость между Трихоспилус диатрае e Тетрастих ховарди.

Надежность маркеров

В ходе исследования также была проверена надежность маркеров в смоделированных образцах. Результаты показали высокую точность даже в смесях с несбалансированным соотношением видов. Эта возможность расширяет применение инструмента в полевых условиях и на биофабриках.

Практическое применение включает контроль качества при массовом производстве паразитоидов. В коммерческих программах разведение этих насекомых продолжается в течение нескольких поколений. Этот процесс может снизить генетическую изменчивость. Использование геномных маркеров позволяет осуществлять непрерывный мониторинг популяций.

Эту работу разработали Изабелла де Лима Паломбо, Фабрисио Фагундес Перейра, Андре Пессоа да Кошта, Патрик Луис Пастори, Алекс Полатто Карвальо, Андреа Рената да Силва Ромеро, Андре Виейра ду Насименту, Ана Мария Перес Обриен, Патрисия Яна Шмидт, Карлос Рейньер Гарсиа Кардозу и Марсело Тейшейра Таварес.

Более подробная информация на doi.org/10.3390/insects17040395